余市蒸留時では1974年まで自社製麦を行っていましたが，現在は廃止されています。廃止以前は石狩産のピートでモルトの乾燥を行っていましたが，同じタイミングでこのピートの使用も中止されています。

現在，原料のモルトはスコットランドから輸入されています。ピーテッドレベルは3水準設けられており，ノンピーテッド・レギュラーピーテッド（5〜15ppm）・ヘビリーピーテッド（20〜50ppm）となっています。使用されるピートもスコットランド産のものとなっています。

生産されるウイスキーの大半はレギュラーピーテッドタイプのモルトを原料としたものであり，年末にかけてヘビリーピーテッド麦芽で仕込みを進めていくとのことです。

用意されたモルトはスイスビューラー製のローラー式モルトミルで粉砕してグリストとしたのち，糖化の工程へと進みます！

余市蒸留所では仕込み水として余市川の伏流水を使用しています。この水は硬度20程度の軟水です。

マッシュタンは1バッチあたり1バッチあたり6.5トンのグリスト容量を誇る，ステンレス製のセミロイタータンになります。

製麦によって得られたグリストはマッシュタンへと投入され，加熱した仕込み水を3回に分けて，温度を上げながら注ぐことで糖化が進められます。この糖化手法はインフュージョン法と呼ばれています。

糖化が完了すると糖分を多く含んだウォートが，1バッチにつき約25,000リットル得ることができます。

次の工程は発酵になります！

余市蒸留所には容量40,000リットルでステンレス製のウォッシュバックが10基設置されています。実際に使用されているのは10基のうち6基であり，容量も40キロリットル満タンではなくて25〜28キロリットル程度のみが満たされます。

発酵に使用される酵母は複数種類のディスティラーズ酵母が組み合わせられています。

糖化によって得られたウォートは酵母が活発に作用可能な20℃前後まで冷却されたのち，1基のウォッシュバックへと移されて発酵が進められます。ウォッシュバックには温度調整を行うウォータージャケットが装備されており，32.5℃以下に保たれるように設定されています。

発酵にかける時間は約72時間と，比較的長めとなっています。発酵が完了するとアルコール度数約8％程度のウォッシュが完成します。

次の工程は蒸留になります！

余市蒸留所にはウォッシュスチル（初留釜）が4基，スピリットスチル（再留釜）が2基設置されています。

容量について初留釜は7,000Lと10,000Lのものが各2基ずつあり，再留釜は10,000Lと13,000Lが各1基ずつとなっており，2基の初留釜と1基の再留釜が対になっています。

加熱方式については初留釜が石炭直火方式，再留釜が石炭直火と蒸気による間接加熱方式のハイブリッドとなっています。コンデンサーについては再留釜1基のみがシェル&チューブ方式で，残りは全てが伝統的なワームタブ式です。

また形状についてはどれもストレート型ですが，シェル&チューブ式のコンデンサーに繋がれる再留釜のみラインアームが水平となっており，他のスチルは全て下向きのラインアームとなっています。

発酵によって得られたウォッシュはウォッシュスチルへと移されて初留が行われます。初留が完了するとアルコール度数約20％となったローワインを得ることができます。

次いでローワインはスピリットスチルへと移されて再留が行われます。再留によって得られるアルコールはスピリッツセイフと呼ばれる箱を通り，ここで蒸留初期・終期の不安定な香味成分を持ったスピリッツが除去されます。

この工程をミドルカットと言い，スチルマンと呼ばれる熟練の蒸留技士の管理のもとで行われています。

再留・ミドルカットを終えるとアルコール度数約70％のニューポットを確保することができます。

次の工程は熟成になります！

余市蒸留所には26棟のウェアハウスが建っており，伝統的なダンネージ式（2段積み）とラック式が併用されています。かつては28棟でしたが，2棟はウイスキー博物館へと改装されています。

熟成に使用される樽は一般的なバーボン樽やシェリー樽はもちろんのこと，地元に自生しているミズナラで作られた樽なども採用されています。

また蒸留所内には小さなクーパレッジ（樽工場）があり，2人の樽職人と1人のスタッフのみで樽のリメイクやリチャーなどの工程を完結させています。3人で1日に扱う樽の数は30個程度になるとか。

加えてこのクーパレッジで独自にチャーリングしたヴァージンオーク樽も製作しており，こちらも熟成に使用されています。

通常ヴァージン樽では短期間で樽の香味が一気に原酒へと移されるため長期熟成には適していないとされています。しかし余市では20年程度この樽で熟成を行うこともしばしばあり，樽のエグみに負けない原酒の力強さを感じさせます。

蒸留で得られたニューポットは加水によってアルコール度数を63〜65％程度に整えたのち，ウェアハウスへと移されて長い時間を眠ることとなります。

ちなみに現在，熟成が完了した原酒のほとんどは千葉の柏工場でボトリングされています。